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單細(xì)胞蛋白質(zhì)組學(xué)服務(wù)

更新時(shí)間:2024-09-26

簡(jiǎn)要描述:

單細(xì)胞蛋白質(zhì)組學(xué)服務(wù)內(nèi)蛋白質(zhì)種類(lèi)繁多,豐度低,動(dòng)態(tài)分布范圍寬且無(wú)法擴(kuò)增,因此對(duì)檢測(cè)手段提出了更高的靈敏度要求。在眾多高靈敏分析方法中,熒光檢測(cè)方法的靈敏度可以達(dá)到單分子水平,并且具有動(dòng)態(tài)跟蹤能力,但是其蛋白質(zhì)檢測(cè)通量有限。

  單細(xì)胞蛋白質(zhì)組學(xué)服務(wù)原理主要基于高靈敏度的蛋白質(zhì)分析技術(shù),旨在研究單個(gè)細(xì)胞內(nèi)的蛋白質(zhì)組成和功能。這種技術(shù)能夠揭示細(xì)胞間的差異性和多樣性,為理解細(xì)胞的生理、病理過(guò)程提供深入的信息。服務(wù)流程通常包括單細(xì)胞樣品的采集與制備、蛋白質(zhì)的提取與消化、以及后續(xù)的質(zhì)譜分析等關(guān)鍵步驟。通過(guò)這些步驟,可以精確地鑒定和定量單個(gè)細(xì)胞中的蛋白質(zhì),從而揭示蛋白質(zhì)在不同細(xì)胞類(lèi)型或狀態(tài)下的表達(dá)模式和功能。

  應(yīng)用范圍

  單細(xì)胞蛋白質(zhì)組學(xué)的應(yīng)用范圍非常廣泛,主要體現(xiàn)在以下幾個(gè)方面:

  細(xì)胞類(lèi)型鑒定和分類(lèi):通過(guò)分析單個(gè)細(xì)胞的蛋白質(zhì)表達(dá)模式,可以準(zhǔn)確識(shí)別和分類(lèi)不同的細(xì)胞類(lèi)型,揭示細(xì)胞間的多樣性和差異性。

  疾病研究:在疾病研究中,單細(xì)胞蛋白質(zhì)組學(xué)可以揭示疾病發(fā)生發(fā)展的分子機(jī)制。例如,在癌癥研究中,它可以揭示癌細(xì)胞的異質(zhì)性和細(xì)胞亞群的存在;在免疫系統(tǒng)疾病和神經(jīng)系統(tǒng)疾病研究中,它也能提供深入的蛋白質(zhì)組學(xué)信息,有助于發(fā)現(xiàn)新的治療靶點(diǎn)。

  步驟

  單細(xì)胞蛋白質(zhì)組學(xué)的主要步驟包括:

  單細(xì)胞樣品制備:這是單細(xì)胞蛋白質(zhì)組學(xué)的第一步,也是關(guān)鍵步驟之一。常用的方法包括微操作、流式細(xì)胞分選和單細(xì)胞捕獲技術(shù)等,以確保獲取純凈的單細(xì)胞樣品。

  蛋白質(zhì)提取和消化:從單個(gè)細(xì)胞中提取蛋白質(zhì),并通過(guò)蛋白酶將其消化成肽段,以便進(jìn)行后續(xù)的質(zhì)譜分析。

  質(zhì)譜分析:利用質(zhì)譜儀對(duì)消化后的肽段進(jìn)行定性和定量分析,從而得到單個(gè)細(xì)胞的蛋白質(zhì)組信息。

  分析方法

  在單細(xì)胞蛋白質(zhì)組學(xué)中,主要的分析方法包括:

  定性分析:通過(guò)質(zhì)譜數(shù)據(jù)鑒定蛋白質(zhì)的種類(lèi)和序列信息。

  定量分析:利用質(zhì)譜信號(hào)的強(qiáng)度等信息,對(duì)蛋白質(zhì)進(jìn)行定量分析,比較不同細(xì)胞或不同狀態(tài)下的蛋白質(zhì)表達(dá)差異。

  生物信息學(xué)分析:對(duì)獲取的蛋白質(zhì)組數(shù)據(jù)進(jìn)行深入挖掘和分析,包括蛋白質(zhì)功能注釋、代謝通路分析、蛋白質(zhì)相互作用網(wǎng)絡(luò)構(gòu)建等,以揭示蛋白質(zhì)在細(xì)胞中的功能和調(diào)控機(jī)制。

  單細(xì)胞蛋白質(zhì)組學(xué)服務(wù)通過(guò)高精度的蛋白質(zhì)分析技術(shù),為我們提供了深入研究單個(gè)細(xì)胞內(nèi)蛋白質(zhì)組成和功能的強(qiáng)大工具。它在細(xì)胞類(lèi)型鑒定、疾病研究等領(lǐng)域具有廣泛的應(yīng)用前景,有望為未來(lái)的生物醫(yī)學(xué)研究帶來(lái)革命性的突破。

  單細(xì)胞蛋白質(zhì)組學(xué)服務(wù)內(nèi)蛋白質(zhì)種類(lèi)繁多,豐度低,動(dòng)態(tài)分布范圍寬且無(wú)法擴(kuò)增,因此對(duì)檢測(cè)手段提出了更高的靈敏度要求。在眾多高靈敏分析方法中,熒光檢測(cè)方法的靈敏度可以達(dá)到單分子水平,并且具有動(dòng)態(tài)跟蹤能力,但是其蛋白質(zhì)檢測(cè)通量有限。然而電化學(xué)檢測(cè)方法雖然細(xì)胞干擾小,但受限于蛋白質(zhì)通量以及電化學(xué)活性的要求,無(wú)法對(duì)多種蛋白質(zhì)進(jìn)行同時(shí)檢測(cè)。質(zhì)譜作為研究蛋白質(zhì)組學(xué)的一種常規(guī)方法,其靈敏度高,通過(guò)已有的蛋白質(zhì)數(shù)據(jù)庫(kù),可以同時(shí)對(duì)上萬(wàn)種蛋白質(zhì)進(jìn)行定性以及定量,并且可以提供豐富的蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)信息。但是由于單個(gè)體細(xì)胞內(nèi)的蛋白質(zhì)總量平均只有約100pg,利用質(zhì)譜直接進(jìn)行檢測(cè)會(huì)面臨樣本復(fù)雜度和單細(xì)胞靈敏度等挑戰(zhàn),因此質(zhì)譜前的分離技術(shù)對(duì)于提高方法檢測(cè)靈敏度以及蛋白質(zhì)定性定量的準(zhǔn)確度來(lái)說(shuō)十分必要。
  將蛋白組學(xué)和轉(zhuǎn)錄組學(xué)分析整合到單一的多組學(xué)方法中提供了在單個(gè)細(xì)胞中檢測(cè)RNA表達(dá)和蛋白質(zhì)豐度的動(dòng)力學(xué)可能性,這反過(guò)來(lái)可能產(chǎn)生對(duì)復(fù)雜調(diào)控過(guò)程的機(jī)制性見(jiàn)解,例如表觀基因組、轉(zhuǎn)錄和轉(zhuǎn)錄后基因監(jiān)管。此外,同步的mRNA和蛋白質(zhì)分析可用于確定mRNA和蛋白質(zhì)水平在活躍的轉(zhuǎn)錄后調(diào)控期間相關(guān)性較差的細(xì)胞狀態(tài)。
  單細(xì)胞蛋白質(zhì)組學(xué)服務(wù)工作流程
  單細(xì)胞流程當(dāng)然也是從樣本處理開(kāi)始。對(duì)樣本進(jìn)行處理,使細(xì)胞分開(kāi)和懸浮,然后通過(guò)熒光活化細(xì)胞分選(FACS)進(jìn)行分離。單個(gè)細(xì)胞被分配到微量滴定板的各個(gè)孔中或芯片型分析系統(tǒng)上,在那里進(jìn)行裂解。干擾質(zhì)譜分析的裂解劑需要除去,但由于純化會(huì)導(dǎo)致樣本損失,因此研究人員盡量避免使用。
  FACS是細(xì)胞分選的shou選方法,但也存在缺點(diǎn)。損失率高(有時(shí)非常高),需要訓(xùn)練有素的操作人員,而且購(gòu)買(mǎi)和操作成本都很高。
  當(dāng)然,損失并不僅僅發(fā)生在細(xì)胞分選階段。“粘稠的蛋白質(zhì)很難通過(guò)液相色譜(LC)分離,因此這個(gè)步驟也會(huì)造成損失。這將會(huì)進(jìn)一步造成靈敏度問(wèn)題或分析偏倚。有時(shí),您只是無(wú)法從單個(gè)細(xì)胞的蛋白質(zhì)中產(chǎn)生足夠的離子。”
  為了解決這些靈敏度問(wèn)題,一些操作方案將未標(biāo)記的載體蛋白添加到混合物中,以緩解小樣本量帶來(lái)的損失。雖然這些方法有點(diǎn)用,但仍需要質(zhì)譜技術(shù)的進(jìn)步,特別是在電離效率方面的進(jìn)步,才能處理小的樣本量和體積。
  “如果沒(méi)有自動(dòng)化液體處理系統(tǒng),這些工作流程將無(wú)法實(shí)現(xiàn),自動(dòng)化系統(tǒng)帶來(lái)了準(zhǔn)確的納升級(jí)流體操作,以及一致性和穩(wěn)定性。”
  早期對(duì)單細(xì)胞蛋白質(zhì)組學(xué)的嘗試使用了基質(zhì)輔助激光解吸電離(MALDI),這是一種軟電離技術(shù),可以保留不穩(wěn)定的分子特征,并最大限度減少樣本損失和樣本制備步驟。
  基于MALDI的方法是在上世紀(jì)90年代使用的。人們采用MALDI作為離子源,并用飛行時(shí)間(TOF)作為質(zhì)量分析器,從而提供一種功能性的單細(xì)胞分析。不過(guò),這些技術(shù)存在三個(gè)主要缺點(diǎn):MALDI不能在時(shí)域內(nèi)分離肽段,無(wú)法對(duì)大量蛋白質(zhì)進(jìn)行測(cè)序,而且MALDI電離的可變性會(huì)影響定量的準(zhǔn)確性。
  另一種電離蛋白質(zhì)的方法,電噴霧電離(ESI),則更容易實(shí)現(xiàn)測(cè)序,因?yàn)樗苋菀着c各種分離方法(如毛細(xì)管電泳)相結(jié)合。然而,ESI需要大量的樣本制備,這可能導(dǎo)致?lián)p失,讓人們無(wú)法接受。
  直接的分析蛋白質(zhì)水平和RNA表達(dá)的方法是使用單個(gè)細(xì)胞的索引FAC同時(shí)測(cè)量同一細(xì)胞中的少量蛋白質(zhì)和相應(yīng)轉(zhuǎn)錄物的水平。另一種方法依賴于鄰近延伸分析(PEA)與RNA分析并行進(jìn)行蛋白檢測(cè)。
  鄰近連接分析(PLA)依賴于兩個(gè)抗體結(jié)合的寡核苷酸在同一蛋白質(zhì)靶點(diǎn)上的連接而不是雜交。這種方法被用來(lái)研究蛋白質(zhì)-蛋白質(zhì)相互作用的亞細(xì)胞定位,例如RNA的PLA在mass-cytometry工作流程中實(shí)現(xiàn),以便能夠同時(shí)定量單個(gè)原代人類(lèi)外周血單個(gè)核細(xì)胞中的10個(gè)轉(zhuǎn)錄物和相應(yīng)蛋白質(zhì)。
  通過(guò)測(cè)序、RNA表達(dá)以及蛋白測(cè)序分析對(duì)轉(zhuǎn)錄組和表位進(jìn)行細(xì)胞索引的兩種方法利用與DNA條形碼結(jié)合的抗體,以便能夠在單細(xì)胞水平上同時(shí)分析細(xì)胞表面蛋白質(zhì)和mRNAs。CyTOF與單細(xì)胞RNA測(cè)序相結(jié)合可以追蹤樹(shù)突狀細(xì)胞(DC)譜系的發(fā)育。
  可以想象,將單細(xì)胞蛋白組學(xué)方法與多組學(xué)工具相結(jié)合,可以促進(jìn)我們對(duì)細(xì)胞過(guò)程的理解,特別是對(duì)癌癥抵抗機(jī)制和治療反應(yīng)多樣性的理解。
  實(shí)現(xiàn)單個(gè)細(xì)胞蛋白質(zhì)組成的定性定量分析,揭示細(xì)胞個(gè)體之間的精細(xì)差異
  二代測(cè)序技術(shù)的持續(xù)發(fā)展使對(duì)單細(xì)胞基因組和轉(zhuǎn)錄組的研究突飛猛進(jìn),科學(xué)家們對(duì)細(xì)胞認(rèn)識(shí)的分辨率大大提高,然而單細(xì)胞的基因組和轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)對(duì)描述細(xì)胞在生物體復(fù)雜環(huán)境中的表型和功能還遠(yuǎn)遠(yuǎn)不夠,而蛋白質(zhì)作為細(xì)胞內(nèi)所有功能的直接執(zhí)行者,細(xì)胞通過(guò)蛋白質(zhì)及其翻譯后修飾,可以感知并響應(yīng)幾乎所有外在和內(nèi)在的刺激,從而影響整個(gè)生命體的功能和狀態(tài)。
  因此,對(duì)單細(xì)胞蛋白質(zhì)組的定性和定量分析,是揭示細(xì)胞類(lèi)型及其狀態(tài)的工具,在腫瘤異質(zhì)性、干細(xì)胞分化、生殖細(xì)胞發(fā)育、循環(huán)腫瘤細(xì)胞等重要領(lǐng)域有著的應(yīng)用價(jià)值。
  單細(xì)胞蛋白質(zhì)組學(xué)的目的就是為了實(shí)現(xiàn)對(duì)單個(gè)細(xì)胞內(nèi)蛋白質(zhì)組成的定性和定量分析,從而獲得不同細(xì)胞個(gè)體蛋白組的定性和定量差異,構(gòu)建精細(xì)蛋白分子圖譜,從根本上揭示不同細(xì)胞個(gè)體之間的類(lèi)型及其狀態(tài)的差異,使科研工作者可以更好地了解細(xì)胞及其表型和生命活動(dòng)。

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